বৈকারী ইউনিয়নে দুইটি নদী বহমান ছিল বলে জানা যায়। যথা : ১। সোনাই এবং ২। শিংদাহ
১। সোনাই নদী
সোনাই নদী ভারতের তেঁতুলিয়র ইছামতি নদী হতে উতপত্তি হয়ে বাংলাদেশের শাখরা নামক স্থানে আবার ইছামতিতে পতিত হয়েছে। এটি একটি সীমান্ত নদী। বৈকারী ইউনিয়নের কালিয়ানী গ্রামের পশ্চিম সীমানার ভারত ও বাংলাদেশের সীমান্ত দিয়ে প্রবাহিত হয়ে বৈকারীর পাশ দিয়ে দাঁতভাঙ্গা বিল হয়ে আবার ভারতে প্রবেশ করেছে। নদীটি বর্তমানে মৃত নদী। স্থানীয় ভাবে এটি কালিয়ানীর বাওড় নামে পরিচিত।
২।শিংদহ নদী
শিঙদাহ নদী ভারতের বল্লীর বিল হতে হতে উতপত্তি হয়ে শাখরার কাছে ইছামতিতে পতিত হয়েছে। এটিও একটি মৃত নদী। এটি বৈকারী ইউনিয়নের কাথন্ডা গ্রাম দিয়ে প্রবাহিত হত। নদীটিতে এক সময় বড় বড় নৌকা চলতো। নদীটির এখন আর কিছুই অবশিষ্ট নেই।এটাই সিংদহ বাওড় নামে পরিচিত।
খাল
বৈকারী ইউনিয়নে দুইটি খাল আছে। যথা: ১। নাপিতঘাটা খাল এবং ২। কুমড়া খাল
১। নাপিত ঘাটা খাল
খালটি বৈকারী ইউনিয়নের কাথন্ডা গ্রাম হতে শুরু করে ঘোনা ইউনিয়নের ভাড়ুখলির খালে গিয়ে শেষ হয়েছে। দাঁতভাঙ্গা বিলের পানি নিষ্কাশনের জন্য খালটি খনন করা হয়। ২০১১-২০১২ অর্থ বছরে সুশীলনের মাধ্যমে বিশ্ব ব্যাংকের অর্থায়নে খালটি সংস্কার করা হয়েছে।
২। কুমড়া খাল
খালটি বৈকারী ইউনিয়নের বৈকারী হতে শুরু হয়ে দাঁতভাঙ্গা বিলের পশ্চিম পাশ দিয়ে ওয়াপদা ভেঁড়ী পার করা হয়েছে। এটিও দাঁতভাঙ্গা বিলের পানি নিষ্কাশনের জন্য খনন করা হয়। ২০১১-২০১২ অর্থ বছরে কাবিখা, টিআর এবং কাবিটা দ্বারা খালটি সঙস্কার করা হয়েছে।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস